Кроме того, программа уничтожает следы онлайн-активности пользователя (к примеру, историю навигации в Интернете). CCleaner имеет несколько уровней проверки безопасности и систему резервного копирования. Программа автоматически удаляет: 

• кэш Internet Explorer;
• файлы History;
• cookies;
• лог-файлы;
• файлы в корзине;
• временные файлы других приложений, в том числе приложений eMule, Google Toolbar, Netscape, MS Office (включая пакет Microsoft Office 2010), Nero, Adobe Acrobat, WinRAR и др.